Интерьер уникальной старинной синагоги восстановлен по сохранившимся фотографиям. Специалистам удалось восстановить живопись внутренних стен. Деревянная синагога стала одним из самых популярных туристических объектов не только для туристов еврейского происхождения из разных стран мира, но и для жителей Литвы.

Пакруойская синагога была построена в 1801 г. Она является самой старой деревянной синагогой, сохранившейся в Литве. Синагога действовала до начала Второй мировой войны. В послевоенные годы в здании храма располагался клуб, позже кино- и спортивный залы. Несколько раз здание синагоги подвергалось пожарам, что нанесло непоправимый ущерб уникальному архитектурному строению. Районное самоуправление Пакруойиса и Департамент Культурного наследия прилагали немало усилий, чтобы сохранить памятник деревянного зодчества.

21 января 2011 г. Самоуправление Пакруойиса подписало с Еврейской общины (литваков) Литвы договор об управлении и адаптации здания синагоги для культурно-просветительской деятельности (на 99 лет).

Еврейская община в Пакруойисе появилась в XVIII веке. Большая часть евреев, проживавших в этом городе, были торговцами. Увеличивающаяся еврейская община послужила развитию экономической и общественной жизни Пакруойиса. Пожар в 18 веке практически уничтожил город. Из 42-х еврейских домов осталось только пять. Рост численности еврейской общины в Пакруойисе продолжался до Первой мировой войны. В 1939 году в городе проживало 120 еврейских семей. Сейчас в городке евреев нет.